Single-cell transcriptional dynamics in a living vertebrate
Elizabeth Eck, Bruno Moretti, Brandon H. Schlomann, Jordão Bragantini et autres
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Cell Systems
Jordão Bragantini
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Cell Image Analysis TechniquesAdvanced Neural Network ApplicationsMedical Image Segmentation TechniquesAdvanced Image and Video Retrieval TechniquesSingle-cell and spatial transcriptomics
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GEFF: Graph Exchange File Format
Morgan Schwartz, Caroline Malin-Mayor, Talley J. Lambert, Teun A.P.M. Huijben et autres
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The Journal of Open Source Software
napari: a multi-dimensional image viewer for Python
Nicholas Sofroniew, Talley J. Lambert, Grzegorz Bokota, Juan Nunez-Iglesias et autres
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Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
computational-cell-analytics/micro-sam: v1.7.0 🌈
Constantin Pape, Anwai Archit, Genevieve Buckley, lufre1 et autres
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Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
inTRACKtive: a web-based tool for interactive cell tracking visualization
Teun A.P.M. Huijben, Ashley G. Anderson, Anne Sweet, Erin Hoops et autres
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Nature Methods
Ultrack: pushing the limits of cell tracking across biological scales
Jordão Bragantini, Ilan Theodoro, Xiang Zhao, Teun A.P.M. Huijben et autres
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Nature Methods
Enabling long-term studies of developing organs in zebrafish through quantitative phase imaging and virtual staining
Eduardo Hirata-Miyasaki, Ziwen Liu, Tiger Lao, A. Balasubramanian et autres
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Large-Scale Multi-hypotheses Cell Tracking Using Ultrametric Contours Maps
Jordão Bragantini, Merlin Lange, Löıc A. Royer
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Lecture notes in computer science
A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors
Merlin Lange, Alejandro A. Granados, Shruthi VijayKumar, Jordão Bragantini et autres
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Cell
inTRACKtive — A Web-Based Tool for Interactive Cell Tracking Visualization
Teun A.P.M. Huijben, Ashley G. Anderson, Anne Sweet, Erin Hoops et autres
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bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Ultrack: pushing the limits of cell tracking across biological scales
Jordão Bragantini, Ilan Theodoro, Xiang Zhao, Teun A.P.M. Huijben et autres
us, br (code pays fourni par la source)
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bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Large-Scale Multi-Hypotheses Cell Tracking Using Ultrametric Contours Maps
Jordão Bragantini, Merlin Lange, Löıc A. Royer
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arXiv (Cornell University)
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