OmniPath Metabo: chemical structures, interactions and mechanisms to study the metabolome
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Abstract Mechanistic and functional analysis of omics data largely relies on the incorporation of prior knowledge; however, connecting metabolomics data and knowledge is a major methodological challenge. This is largely driven by the diverse prior knowledge being fragmented across many databases requiring the merging of different database records across chemical structures, identifiers, and varying levels of structural specificity. Hence, this limits mechanistic interpretation and functional characterisation of the metabolome. Here, we present OmniPath Metabo, a comprehensive, harmonized, metabolome-centric database covering metabolites, lipids, food-derived compounds, and small molecule drugs, along with their associated receptors, transporters, enzymes, reactions, allosteric regulators, and disease associations. OmniPath Metabo harmonizes attributes using controlled vocabularies and ontologies, structures and built-in cheminformatics to map identifiers and track ambiguity. OmniPath Metabo is built directly from 40+ original resources and is freely accessible via an interactive web app and API at metabo.omnipathdb.org . OmniPath Metabo enables dynamic, context-specific construction of subnetworks to serve dedicated purposes, such as cell-cell communication or integrated multi-omics metabolite-driven regulation, connecting reactions, allosteric regulation, metabolite-receptor and metabolite-transporter interactions. Combining it with the over 170 other resources in OmniPath, it can be used for integrated networks of signaling, gene regulation, and metabolism. We showcase the application of OmniPath Metabo by analysing publicly available metabolomics data of lung cancer cell lines and metabolic footprints to mutational patterns. In summary, OmniPath Metabo transforms fragmented resources into a harmonised prior knowledge framework for a mechanistic and functional analysis of the metabolome.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- OmniPath Metabo: chemical structures, interactions and mechanisms to study the metabolome
- Date Crossref
- 19/06/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital Heidelberg pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Imperial College London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Spanish National Centre for Cardiovascular Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC) pays non établi dans la noticeInstitution
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European Molecular Biology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Heidelberg University, University Hospital Heidelberg et Imperial College London, avec 4 autres affiliations.
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