High Precision Quantification of small RNA Slicing Activity - Native Index Ligation-based Targeted Degradome Sequencing (NIL-TDS)
Rattachement africain : ru, de, ch. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
ABSTRACT RNA interference (RNAi) is an effective and precise regulatory mechanism in eukaryotes in which small RNAs mediate endonucleolytic slicing of complementary target mRNAs. Despite the potential of RNAi for human therapeutics and crop bio-protection, analytical platforms to quantitatively validate the slicing activities of small RNAs remain limited. Here, we present NIL-TDS, a cost-effective method that combines RNA ligase-mediated PCR with Nanopore Sequencing for direct, rapid, and high-resolution detection and quantification of sRNA-mediated slicing events. Using NIL-TDS, we quantitatively detected minute changes in Ath -mir400 mediated slicing of PPR1 in heat and salt stressed Arabidopsis plants. We further demonstrate the broader applicability of NIL-TDS by detecting rare slicing events in a mammalian system. Of relevance for malignancy of certain cancers, and tumor progression and metastasis, NIL-TDS further confirmed miR-196-HOXB8 interactions in lung cancer cells and discovered a novel miR-7162-HOXA10-AS slicing site. These findings demonstrate the sensitivity of NIL-TDS for uncovering small RNA mediated regulatory mechanisms of gene expression and disease progression in eukaryotes. GRAPHICAL ABSTRACT
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- High Precision Quantification of small RNA Slicing Activity - Native Index Ligation-based Targeted Degradome Sequencing (NIL-TDS)
- Date Crossref
- 04/10/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Russian Research Institute for Phytopathology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Psychology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Max Planck Institute for Plant Breeding Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Andermatt Biocontrol (Switzerland) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Justus-Liebig-Universität Gießen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Phytopathology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Biochemistry pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Department of Plant Breeding pays non établi dans la noticeInstitution
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Andermatt Biocontrol Suisse AG pays non établi dans la noticeInstitution
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Justus Liebig University Giessen Institute of Phytopathology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Russian Research Institute for Phytopathology, Institute of Psychology et Max Planck Institute for Plant Breeding Research, avec 7 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.