ODFormer: a Virtual Organoid for Predicting Personalized Therapeutic Responses in Pancreatic Cancer
Rattachement africain : cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Pancreatic cancer (PC) patient-derived organoids (PDOs) faithfully recapitulate therapeutic responses but face clinical translation barriers, including high costs and technical complexity. To address these problems and the lack of frameworks for PDO-based drug-response assays, we developed ODFormer, a computational framework that simulates PC PDOs to predict clinically actionable, patient-specific drug responses by integrating transcriptomic and mutational profiles. ODFormer first employed two encoders, pretrained on 30,000 pan-cancer bulk transcriptomics and 1 million PC single-cell profiles respectively, to distil tissue-and organoid-specific representations. Then, trained on our curated 14,000 PDO drug-response assay (across 183 PDOs and 98 drugs) using a transformer–augmented hybrid contrastive network, ODFormer significantly outperformed state-of-the-art methods, notably achieving a PCC >0.9 in predicting standardized drug response. Multi-cohort retrospective analyses further demonstrated that ODFormer-guided personalized therapy significantly improves clinical outcomes, without requiring physical organoid assays. Furthermore, ODFormer identified novel clinico-biological PC subtypes and revealed therapy resistance biomarkers by stratifying predicted responders and non-responders. These were validated using independent datasets including TCGA-PDAC. Notably, ODFormer-guided treatment efficacy showed high concordance with prospective clinical responses by CA19-9.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- ODFormer: a Virtual Organoid for Predicting Personalized Therapeutic Responses in Pancreatic Cancer
- Date Crossref
- 10/07/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Center for Excellence in Molecular Cell Science pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Second Military Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Changhai Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Shanghai Cell Therapy Research Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of Chinese Academy of Sciences Key Laboratory of Systems Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Jiao Tong University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Naval Medical University Department of Hepatobiliary Pancreatic Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Key Laboratory of Systems Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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State Key Laboratory of Cell Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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School of Mathematical Sciences and School of AI pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Center for Excellence in Molecular Cell Science, Second Military Medical University et Changhai Hospital, avec 8 autres affiliations.
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