Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma
Rattachement africain : us, cn, th. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
BACKGROUND: Neuroblastoma (NB), the most common extracranial solid tumor of childhood, originates from developing sympathetic nervous system. While cuproptosis has emerged as a critical regulator in oncobiology, its mechanistic involvement in NB remains poorly characterized. METHODS: RNA-seq data of NB patients was analyzed using limma and ClusterProfiler. CRlncRNAs were identified through Pearson correlation between lncRNAs and CRGs, with co-expression networks visualized via ggalluvial. Prognostic signature was constructed through Lasso-penetrated Cox regression and validated via EFS analysis, C-index, and ROC curves. Somatic mutations and TMB were profiled using maftools. Immune infiltration landscapes were deciphered by CIBERSORT, while single-cell analysis integrated AddModuleScore, AUCell, and inferCNV to map CNV-driven transcriptional heterogeneity. Functional validation via siRNA knockdown confirmed the oncogenic role of CRGs. RESULTS: The risk model: Risk Score = (-1.637×DIRC3-AS1) + (0.6758×FOXN3-AS1) + (0.3032×LINC00682) + (-0.6812×RASSF8-AS1) was constructed. Stratification by median risk score revealed significantly prolonged EFS and OS. No significant TMB difference was observed between subgroups. scRNA-seq analysis highlighted malignant cell dominance with marked CNVs in high-risk patients. Functional validation confirmed CRlncRNAs' roles in modulating proliferation and migration. CONCLUSION: Our findings establish a novel prognostic framework for NB that enhances risk stratification accuracy and provides actionable biomarkers to guide precision clinical management.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma
- Date Crossref
- 01/07/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Allied Services pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Tongji Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Union Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Huazhong University of Science and Technology Department of Pediatric Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Nation University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Wuhan University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Hubei Clinical Center of Hirschsprung's Disease and Allied Dsorders pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Allied Services, Tongji Hospital et Union Hospital, avec 4 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.