Whole-embryo Spatial Transcriptomics at Subcellular Resolution from Gastrulation to Organogenesis
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Le résumé fourni par la source
Abstract Spatiotemporal patterns of gene expression underlie embryogenesis. Despite progress in single-cell genomics, mapping these patterns across whole embryos with comprehensive gene coverage and at high resolution has remained elusive. Here, we introduce a w hole- e mbryo imaging platform using m ultiplexed e rror-robust fluorescent in- s itu h ybridization (weMERFISH). We quantified the expression of 495 genes in whole-mount zebrafish embryos at subcellular resolution. Integration with single-cell multiomics data generated an atlas detailing the expression of 25,872 genes and the accessibility of 294,954 chromatin regions, explorable with an online interface MERFISHEYES (beta version). We found that temporal gene expression aligns with cellular maturation and morphogenetic movements, diverse expression patterns correspond to composites of tissue-specific accessible elements, and changes in gene expression generate sharp boundaries during gastrulation. These results establish a novel approach for whole-organism spatial transcriptomics, provide a comprehensive spatially resolved atlas of gene expression and chromatin accessibility, and reveal the diversity, precision and emergence of embryonic patterns.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Whole-embryo Spatial Transcriptomics at Subcellular Resolution from Gastrulation to Organogenesis
- Date Crossref
- 27/08/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of Basel Biozentrum pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California San Diego pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cellular Research (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Bradley University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bradley Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Toronto Department of Biochemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tsinghua University Department of Automation pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California at San Diego Department of Cellular and Molecular Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bradley Department of Electrical and Computer Engineering pays non établi dans la noticeInstitution
Biozentrum — University of Basel, University of California San Diego et Cellular Research (United States), avec 6 autres affiliations.
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