High-resolution epidemiological landscape from ~290,000 SARS-CoV-2 genomes from Denmark
Rattachement africain : dk, gb, au, ch. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Vast amounts of pathogen genomic, demographic and spatial data are transforming our understanding of SARS-CoV-2 emergence and spread. We examined the drivers of molecular evolution and spread of 291,791 SARS-CoV-2 genomes from Denmark in 2021. With a sequencing rate consistently exceeding 60%, and up to 80% of PCR-positive samples between March and November, the viral genome set is broadly whole-epidemic representative. We identify a consistent rise in viral diversity over time, with notable spikes upon the importation of novel variants (e.g., Delta and Omicron). By linking genomic data with rich individual-level demographic data from national registers, we find that individuals aged < 15 and > 75 years had a lower contribution to molecular change (i.e., branch lengths) compared to other age groups, but similar molecular evolutionary rates, suggesting a lower likelihood of introducing novel variants. Similarly, we find greater molecular change among vaccinated individuals, suggestive of immune evasion. We also observe evidence of transmission in rural areas to follow predictable diffusion processes. Conversely, urban areas are expectedly more complex due to their high mobility, emphasising the role of population structure in driving virus spread. Our analyses highlight the added value of integrating genomic data with detailed demographic and spatial information, particularly in the absence of structured infection surveys.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- High-resolution epidemiological landscape from ~290,000 SARS-CoV-2 genomes from Denmark
- Date Crossref
- 20/08/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Copenhagen Department of Public Health pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Imperial College London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Statens Serum Institut Department of Bacteria pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Murdoch University Antimicrobial Resistance and Infectious Diseases Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Harry Butler Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Technical University of Denmark Department of Applied Mathematics and Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Danmarks Nationalbank pays non établi dans la noticeInstitution
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Aalborg University Department of Chemistry and Bioscience pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Aalborg University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Copenhagen University Hospital Rigshospitalet pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Rigshospitalet pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Hvidovre Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Department of Public Health — University of Copenhagen, Imperial College London et Department of Bacteria — Statens Serum Institut, avec 9 autres affiliations.
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