Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina
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Le résumé fourni par la source
SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics have emerged since the end of 2020. Surveillance of SARS-CoV-2 variants was performed on a total of 4,851 samples from the capital city and 10 provinces of Argentina, during 51 epidemiological weeks (EWs) that covered the end of the first wave and the ongoing second wave of the COVID-19 pandemic in the country (EW 44/2020 to EW 41/2021). The surveillance strategy was mainly based on Sanger sequencing of a Spike coding region that allows the identification of signature mutations associated with variants. In addition, whole-genome sequences were obtained from 637 samples. The main variants found were Gamma and Lambda, and to a lesser extent, Alpha, Zeta, and Epsilon, and more recently, Delta. Whereas, Gamma dominated in different regions of the country, both Gamma and Lambda prevailed in the most populated area, the metropolitan region of Buenos Aires. The lineages that circulated on the first wave were replaced by emergent variants in a term of a few weeks. At the end of the ongoing second wave, Delta began to be detected, replacing Gamma and Lambda. This scenario is consistent with the Latin American variant landscape, so far characterized by a concurrent increase in Delta circulation and a stabilization in the number of cases. The cost-effective surveillance protocol presented here allowed for a rapid response in a resource-limited setting, added information on the expansion of Lambda in South America, and contributed to the implementation of public health measures to control the disease spread in Argentina.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina
- Date Crossref
- 10/12/2021
- Éditeur
- Frontiers Media SA
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Universidad de Buenos Aires pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hospital General de Niños Ricardo Gutierrez pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Garrahan Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National Agricultural Technology Institute pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario Grupo Virología Humana pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National University of the Northeast pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ministerio de Salud pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Universidad Nacional de Hurlingham pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fundación Ciencias Exactas y Naturales pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National University of Luján pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Universidad de Buenos Aires et Hospital General de Niños Ricardo Gutierrez, avec 9 autres affiliations.
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