Identification of an Immunogenic Medulloblastoma-Specific Fusion Involving EPC2 and GULP1
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Medulloblastoma is the most common malignant brain tumor in children. Immunotherapy is yet to demonstrate dramatic results in medulloblastoma, one reason being the low rate of mutations creating new antigens in this entity. In tumors with low mutational burden, gene fusions may represent a source of tumor-specific neoantigens. Here, we reviewed the landscape of fusions in medulloblastoma and analyzed their predicted immunogenicity. Furthermore, we described a new in-frame fusion protein identified by RNA-Seq. The fusion involved two genes on chromosome 2 coding for the enhancer of polycomb homolog 2 (EPC2) and GULP PTB domain containing engulfment adaptor 1 (GULP1) respectively. By qRT-PCR analysis, the fusion was detected in 3 out of 11 medulloblastoma samples, whereby 2 samples were from the same patients obtained at 2 different time points (initial diagnosis and relapse), but not in other pediatric brain tumor entities. Cloning of the full-length sequence indicated that the fusion protein contains the N-terminal enhancer of polycomb-like domain A (EPcA) of EPC2 and the coiled-coil domain of GULP1. In silico analyses predicted binding of the neoantigen-derived peptide to HLA-A*0201. A total of 50% of the fusions described in the literature were also predicted to produce an immunogenic peptide. The EPC2-GULP1 fusion peptide was able to induce a de novo T cell response characterized by interferon gamma release of CD8+ cytotoxic T cells in vitro. While the functional relevance of this fusion in medulloblastoma biology remains to be clarified, our data support an immunotherapeutic approach for pediatric medulloblastoma patients carrying the EPC2-GULP1 fusion and other immunogenic fusions.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Identification of an Immunogenic Medulloblastoma-Specific Fusion Involving EPC2 and GULP1
- Date Crossref
- 21/11/2021
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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German Cancer Research Center Germany pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Johannes Gutenberg University Mainz Department of Pediatric Hematology/Oncology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Medical Center of the Johannes Gutenberg University Mainz pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Applied Sciences Worms pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Cancer Center (UCT) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Children’s Hospital Worms pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Germany — German Cancer Research Center, Department of Pediatric Hematology/Oncology — Johannes Gutenberg University Mainz et Heidelberg University, avec 4 autres affiliations.
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