Reproducibility of CRISPR-Cas9 methods for generation of conditional mouse alleles: a multi-center evaluation
Rattachement africain : us, au, jp, ca, gb, be, cz. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
BACKGROUND: CRISPR-Cas9 gene-editing technology has facilitated the generation of knockout mice, providing an alternative to cumbersome and time-consuming traditional embryonic stem cell-based methods. An earlier study reported up to 16% efficiency in generating conditional knockout (cKO or floxed) alleles by microinjection of 2 single guide RNAs (sgRNA) and 2 single-stranded oligonucleotides as donors (referred herein as "two-donor floxing" method). RESULTS: We re-evaluate the two-donor method from a consortium of 20 laboratories across the world. The dataset constitutes 56 genetic loci, 17,887 zygotes, and 1718 live-born mice, of which only 15 (0.87%) mice contain cKO alleles. We subject the dataset to statistical analyses and a machine learning algorithm, which reveals that none of the factors analyzed was predictive for the success of this method. We test some of the newer methods that use one-donor DNA on 18 loci for which the two-donor approach failed to produce cKO alleles. We find that the one-donor methods are 10- to 20-fold more efficient than the two-donor approach. CONCLUSION: We propose that the two-donor method lacks efficiency because it relies on two simultaneous recombination events in cis, an outcome that is dwarfed by pervasive accompanying undesired editing events. The methods that use one-donor DNA are fairly efficient as they rely on only one recombination event, and the probability of correct insertion of the donor cassette without unanticipated mutational events is much higher. Therefore, one-donor methods offer higher efficiencies for the routine generation of cKO animal models.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Reproducibility of CRISPR-Cas9 methods for generation of conditional mouse alleles: a multi-center evaluation
- Date Crossref
- 26/08/2019
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Nebraska Medical Center Department of Pharmacology and Experimental Neuroscience pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Nebraska Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Australian National University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CSIRO Health and Biosecurity pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Texas A&M University Texas A&M Institute for Genomic Medicine (TIGM) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tufts University Department of Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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RIKEN BioResource Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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McGill University Health Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Research Institute of the McGill University Health Centre pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Maine Medical Center Research Institute pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Centre Hospitalier de l’Université de Montréal pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Manchester Academic Health Science Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Department of Pharmacology and Experimental Neuroscience — Nebraska Medical Center, University of Nebraska Medical Center et Australian National University, avec 9 autres affiliations.
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