Infinium Monkeys: Infinium 450K Array for the Cynomolgus macaque (Macaca fascicularis)
Rattachement africain : sg, ca. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The Infinium Human Methylation450 BeadChip Array (Infinium 450K) is a robust and cost-efficient survey of genome-wide DNA methylation patterns. Macaca fascicularis (Cynomolgus macaque) is an important disease model; however, its genome sequence is only recently published, and few tools exist to interrogate the molecular state of Cynomolgus macaque tissues. Although the Infinium 450K is a hybridization array designed to the human genome, the relative conservation between the macaque and human genomes makes its use in macaques feasible. Here, we used the Infinium 450K array to assay DNA methylation in 11 macaque muscle biopsies. We showed that probe hybridization efficiency was related to the degree of sequence identity between the human probes and the macaque genome sequence. Approximately 61% of the Human Infinium 450K probes could be reliably mapped to the Cynomolgus macaque genome and contain a CpG site of interest. We also compared the Infinium 450K data to reduced representation bisulfite sequencing data generated on the same samples and found a high level of concordance between the two independent methodologies, which can be further improved by filtering for probe sequence identity and mismatch location. We conclude that the Infinium 450K array can be used to measure the DNA methylome of Cynomolgus macaque tissues using the provided filters. We also provide a pipeline for validation of the array in other species using a simple BLAST-based sequence identify filter.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- Infinium Monkeys: Infinium 450K Array for the Cynomolgus macaque (<i>Macaca fascicularis</i>)
- Date Crossref
- 01/07/2014
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Agency for Science pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Singapore Institute for Clinical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
University of British Columbia Child and Family Research Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Child and Family Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Douglas Mental Health University Institute pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Ludmer Centre for Neuroinformatics and Mental Health pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
McGill University Douglas Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Singapore Institute of Clinical Sciences (SICS) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Agency for Science, Singapore Institute for Clinical Sciences et Child and Family Research Institute — University of British Columbia, avec 5 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.