Latent generative search unlocks de novo design of untapped biomolecular interactions at scale
Rattachement africain : gb, us, cn, de, dk, kr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
De novo protein design has advanced rapidly, yet designing binders to polar, solvent-exposed epitopes and small, flexible ligands remains challenging. Such hydrated surfaces and flexible molecules, including carbohydrates, provide few of the hydrophobic contacts favoured by current methods and have largely resisted de novo binders. To address this challenge, here we introduce latent generative search for binder design, a novel framework that uses reward-guided search at inference time to steer the Proteina-Complexa generative model. The model codesigns sequence and structure - generating them together in a continuous latent space - and thereby removes the inverse-folding step on which current methods rely. In a screen of more than one million designs by multiplexed phage display, latent generative search produced more validated binders than every other method tested, its codesigned sequences surpassing post hoc redesign. It delivered high-affinity binders across therapeutic receptors, a viral attachment protein and intracellular signalling targets. Our approach also accessed previously untapped biology, generating the first de novo proteins that bind a free carbohydrate, including one that discriminates between blood-group antigens - a polar, flexible target class beyond the reach of current design methods.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Latent generative search unlocks de novo design of untapped biomolecular interactions at scale
- Date Crossref
- 18/09/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Nvidia (United Kingdom) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Nvidia (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Cambridge pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Viva Biotech (China) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Duke University USA pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ludwig-Maximilians-Universität München pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Leipzig University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Novo Nordisk (United Kingdom) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Novo Nordisk (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Novo Nordisk (Denmark) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Seoul National University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Oxford USA pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Nvidia (United Kingdom), Nvidia (United States) et University of Cambridge, avec 9 autres affiliations.
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