Additional file 3 of A targetable dependency on nonsense-mediated decay for cellular homeostasis and immune control in small cell lung cancer
Rattachement africain : de, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Supplementary Material 3. Supplementary Tables S1-S5. Table S1: S1A) Mutationcount in cancers from the COSMIC database. S1B) Mutation count inthe SCLC_George cohort. S1C) List of all cellular models employed experimentallyin our study. S1D) TCGA cancer types and abbre-viations. TableS2: S2A) Full kinome assay for SMG1i compound. S2B) DESeq2 DTE analysisfor H841 treated with DMSO vs 0.5 um SMG1i for 24 h. S2C) DESeq2DTE analysis for H841 treated with siCTRL/siSMG1/siUPF1 for 72 h. S2D)Overlaps in upregulated transcriptome for all samples in S2B and S2C. S2E)Overlaps in downregulated transcriptome for all samples in S2B and S2C.Table S3: DESeq2 DTE analysis for SMG1i/DMSO samples including celllines (H526, H841, H1048, N417, COR-L88) and SCLC patient- derived primarycells (S03381, S03536, S03888 and S03892). Table S4: S4A) Overlaps inthe upregulated transcriptome for all samples in S3. S4B) Overlaps in thedownregulated transcriptome for all samples in S3. S4C) Pathway enrichmentanalysis for commonly upregulated genes from S4A. S4D) Pathwayenrichment analysis for commonly downregulated genes from S4B. S4E)Transcriptome-wide iterative correlations coupled to pathway enrichmentanalysis. Table S5: S5A) Exome sequencing data for several human cell linesand SCLC specimens. S5B) Absolute numbers of mutations and predictedMHC-I binders per sample. S5C) Sample- specificin silico- generated mutantpeptide libraries for MHC-I binding prediction. S5D) Sample-specificpredicted mutant MHC-I binders (predicted neoantigens). S5E) Exometranscriptomedata intersection: expression of mutated genes. S5F) MHC-Iimmunopeptidomics: presented peptides in H1048 (SMG1i/DMSO). S5G)Peptide pools employed in targeted proteomics and FluoroSpot assays.S5H) TCR sequencing.
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Le contrôle bibliographique ouvert
Où se fait cette recherche
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University Hospital Cologne pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Cologne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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German Cancer Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital Heidelberg pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Tübingen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Essen University Hospital pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Goethe University Frankfurt pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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