NucleiSky enables cross-scale multimodal registration of microscopy data using nuclei constellations
Rattachement africain : fi, pt, se. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Integrating tissue-level organisation with sub-cellular resolution and molecular information often requires combining multiple microscopy modalities and scales. However, aligning images acquired with different modalities, settings, or instruments remains challenging. Here, we introduce NucleiSky, a microscopy image registration framework that utilises the spatial arrangement of nuclei or other landmarks as an intrinsic biological fingerprint. NucleiSky represents images as constellations of centroids and aligns them using geometric algorithms and spatial consensus scoring. In benchmark datasets, NucleiSky could localise query regions within larger reference images using as few as five nuclei. We show that NucleiSky can locate high-magnification fields of view within low-magnification overview scans, map these alignments to additional channels, support live brightfield-to-fixed registration using synthetic nuclear labels, and guide microscope re-targeting. We further show that the same constellation-matching principle can be extended to 3D localisation and to non-nuclear landmarks. These findings establish local landmark geometry as an intrinsic spatial fingerprint that enables localisation and registration across imaging scales, modalities and microscopy platforms. NucleiSky is available as an open-source Python package and as notebook-based applications.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- NucleiSky enables cross-scale multimodal registration of microscopy data using nuclei constellations
- Date Crossref
- 14/08/2026
- Éditeur
- The Company of Biologists
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Åbo Akademi University Cell Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Turku pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Turku Centre for Computer Science pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Turku PET Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Instituto de Biologia Experimental e Tecnológica pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Universidade Nova de Lisboa pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Lund University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Finnish Cancer Registry pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Medicine Division of Infection Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tukholmankatu 8 pays non établi dans la noticeInstitution
Cell Biology — Åbo Akademi University, University of Turku et Turku Centre for Computer Science, avec 8 autres affiliations.
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