MetaSTREAM: a Snakemake pipeline for resistome, mobilome and taxonomic profiling from Oxford Nanopore metagenomic sequencing
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Résumé fourni par la source
MetaSTREAM is a reproducible Snakemake pipeline integrating quality control, taxonomic profiling, resistome (RGI/CARD) and mobilome (mobileOG-db) analysis, and contig-level ARG x MGE co-localization from Oxford Nanopore shotgun metagenomic sequencing data. Developed for wastewater-based antimicrobial resistance surveillance in Conakry, Guinea.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Contrôle bibliographique ouvert
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Institutions déclarées
Gamal Abdel Nasser University of ConakryUniversité Paris-Panthéon-AssasEngineering School of Information and Digital Technologies
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