Runtime-steered ultrashort molecular dynamics enables million-pose protein–ligand screening
Rattachement africain : jp, us, es. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Applying molecular dynamics (MD) at discovery scale is limited by the cost of evaluating thousands to millions of candidate poses. We present a docking-to-dynamics workflow that makes MD compatible with screening-scale evaluation by applying ensembles of ultrashort trajectories (0.1–5 ns) to each pose. MD-score, a ligand-RMSD stability metric, serves as both a pose-ranking score and, with a threshold, an online stopping criterion. In a conditional six-target benchmark of 88 actives and 702 inactives, MD-score achieved a pose-aware ROC-AUC of 0.868 for the top ten poses, while broad pose and velocity sampling was more effective than extending fewer trajectories. Runtime steering scaled evaluation to 1,234,620 EGFR poses while reducing simulated time to 24% of exhaustive evaluation. A prospective Marburg virus nucleoprotein screen yielded three initial minigenome-active hits among 76 tested compounds. These results position ultrashort MD as a scalable dynamic filter between docking, data-driven prediction and higher-cost validation.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Runtime-steered ultrashort molecular dynamics enables million-pose protein–ligand screening
- Date Crossref
- 20/07/2026
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Kyoto University Institute for Life and Medical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School USA pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fujitsu (Japan) pays non établi dans la noticeEntreprise
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RIKEN Center for Computational Science pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Kyoto University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Yokohama City University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Instituto de Investigaciones Químicas pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Kyoto University Institute for Chemical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Graduate School of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School of Pharmaceutical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fujitsu Ltd. pays non établi dans la noticeEntreprise
Institute for Life and Medical Sciences — Kyoto University, Graduate School USA et Fujitsu (Japan), avec 9 autres affiliations.
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