Network-based analysis reveals potential microRNA regulation of oncogenic pathways in SOX10-depleted uveal melanoma
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Le résumé fourni par la source
SOX10 is essential for melanocyte development and maintenance and plays a critical role in uveal melanoma (UM) initiation and progression. While SOX10's transcriptional regulation of protein-coding genes is well characterized, its role on microRNA (miRNA) regulatory landscape in UM remains unexplored. Here, we employed network-based modeling to systematically characterize miRNA regulatory functions following SOX10 depletion in UM. First, we profiled mRNA and miRNA expression levels in SOX10 wild-type and knockdown UM cells. Then, we integrated the transcriptomic data, a UM network, and a Bayesian model to quantify miRNAs' regulatory activities and identify key miRNAs. Subsequently, we employed pathway enrichment analysis combined with literature mining to elucidate the functional roles of identified miRNAs through their target genes and associated signaling pathways in UM. We identified 17 miRNAs that show significant changes in regulatory activities following SOX10 knockdown in UM cells. These miRNAs regulate the expression of genes involved in cancer hallmark pathways, including cell cycle progression, mTORC1 signaling, and fatty acid metabolism. Notably, miR-34a, miR-25, miR-186, and miR-211 have tumor-suppressive potential by targeting genes involved in UM progression and metastasis. Our computational analysis suggests that SOX10 depletion in UM reshapes the miRNA regulatory landscape in a manner potentially consistent with tumor-suppressive activity, requiring experimental validation.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Network-based analysis reveals potential microRNA regulation of oncogenic pathways in SOX10-depleted uveal melanoma
- Date Crossref
- 13/05/2026
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universitätsklinikum Erlangen pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Tampere University of Applied Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tampere University TAYS Cancer Centre pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Comprehensive Cancer Center Erlangen pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Tampere University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Deutsches Zentrum Immuntherapie pays non établi dans la noticeInstitution
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