Efficient murine cardiac phenotyping by combining synchrotron-based phase-contrast micro-CT, histology, immunofluorescence and spatial transcriptomics
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Le résumé fourni par la source
1. Abstract Congenital heart disease is commonly studied using genetically modified mouse models, but characterization of complex three-dimensional (3D) cardiac anomalies remains technically challenging. Histology of fixed paraffin-embedded samples, typically used for structural and molecular analysis, is limited to two dimensions (2D). Synchrotron radiation-based phase-contrast micro-computed tomography (SRPC-µCT) enables rapid, high-resolution, 3D imaging but had yet to be fully integrated with molecular tissue analysis. Importantly, SRPC-µCT is nondestructive and compatible with paraffin-embedded tissue, potentially allowing integration with downstream molecular analyses such as multiplexed spatial transcriptomic profiling on tissue sections. Here, we present a pipeline combining SRPC-µCT with complementary molecular approaches for rapid and accurate phenotyping of mouse hearts and for investigating disease mechanisms. We demonstrate the successful integration of high-resolution 3D imaging with spatial transcriptomics, fluorescent stainings, and histochemistry. Notably, all 2D modalities were applied sequentially to a single tissue section and registered within the 3D volume. This multimodal framework provides a powerful approach for linking structural and molecular information that is broadly applicable across biomedical research.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Efficient murine cardiac phenotyping by combining synchrotron-based phase-contrast micro-CT, histology, immunofluorescence and spatial transcriptomics
- Date Crossref
- 28/04/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Lund University Department of Experimental Medical Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Rainbow Babies & Children's Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University School Department of Pediatrics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Case Western Reserve University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Excillum (Sweden) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Stockholm University Science for Life Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Science for Life Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Cleveland Clinic Department of Biomedical Engineering pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Paul Scherrer Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Skåne University Hospital The Pediatric Heart Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University Hospitals Rainbow Babies and Children’s Hospital pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Excillum AB pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Experimental Medical Science — Lund University, Rainbow Babies & Children's Hospital et Department of Pediatrics — University School, avec 9 autres affiliations.
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