Integration of proteogenomic analyses in esophageal squamous cell carcinoma
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Abstract Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is still lack of clinically molecular subtyping and effective therapeutic strategies. Herein, a total of 46 paired tissue samples of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) were collected and subjected to a systematic proteogenomic evaluation. Consensus assessment of the ESCC-related transcriptomes and TCGA dataset revealed several consensual modes of gene expression related to ESCC specificity, with 8 plasma-detectable hub proteins that could discriminate ESCC from others. Three ESCC molecular subtypes were defined and validated based on proteome data, including pCC1 with activated immune response and best survival outcome, pCC2 as cell cycle subtype with relative worse outcome, and pCC3 with worst outcome that expressed more cell adhesion related proteins. Furthermore, we proposed potential therapeutic strategies for improving survival outcomes in patients with different ESCC molecular subtypes. This integrative proteogenomic analysis provided a novel view of ESCC-dependent molecular information.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Integration of proteogenomic analyses in esophageal squamous cell carcinoma
- Date Crossref
- 22/04/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Les institutions déclarées
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