Integrating Long-Read Structural Variant Analysis with single-nucleus RNA-seq to Elucidate Gene Expression Effects in Disease
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Le résumé fourni par la source
Structural variants (SVs) are a major source of genetic diversity, yet how they impact cell types in complex brain diseases remains largely unexplored, partially due to limitations of short-read sequencing. Here, we addressed this fundamental question in Parkinson's disease (PD). generating long-read whole-genome sequencing (WGS) data for 100 post-mortem brain samples from a PD cohort, constructing a high-confidence catalog of 74,552 SVs. To resolve their functional impact, we integrated single-nucleus RNA-sequencing data from two brain regions from the same samples and focused functional analyses on SVs proximal to genes previously nominated as cis-regulated, potential causal targets of PD-associated GWAS loci. Using expression quantitative trait locus and allele-specific expression analyses, we uncovered SVs significantly associated with expression in specific cell types as well as effects shared across cell types. This study demonstrates the power of uniting long-read WGS with transcriptomics to uncover SVs underlying complex disease architecture with cell type resolution.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Integrating Long-Read Structural Variant Analysis with single-nucleus RNA-seq to Elucidate Gene Expression Effects in Disease
- Date Crossref
- 23/03/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Broad Institute Stanley Center for Psychiatric Research pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Brigham and Women's Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Banner Health pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Banner Sun Health Research Institute USA pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Stephen & Denise Adams Center for Parkinson's Disease Research of Yale School of Medicine USA pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Precision Neurology Program of Brigham & Women's Hospital USA pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Broad Clinical Labs pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Stanley Center for Psychiatric Research — Broad Institute, Brigham and Women's Hospital et Banner Health, avec 4 autres affiliations.
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