Genome-scale mapping of variant, enhancer and gene function in primary human CD4+ T cells
Rattachement africain : nl, us, gb, de, ch. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Single cell RNA-seq from naive CD4+ T cells isolated from blood from three healthy female donors, stimulated with anti-CD3/CD28 beads, infected with lentiviral dCas9-ZIM3-KRAB and a gRNA library and then reactivated. CRE screen: 1,032 putative CREs are perturbed with CRISPRi and the expression of specifically targeted gene sets is read out (TAP-seq). panel*_seurat.rds: Seurat files per TAP-seq panel, 3 donors combined. 32396 features across 211795 samples within 1 assay 2 layers present: counts, data panel*_seurat_grna_annotated.rds: Seurat files per TAP-seq panel, 3 donors combined, cells filtered for having 1 gRNA assigned. 10054 features across 84253 samples within 1 assay 2 layers present: counts, data 1 dimensional reduction calculated: umap Promoter screen: 7,664 promoters are perturbed with CRISPRi (Perturb-seq). Perturbation information in gRNA libraries, whole transcriptome in WTX libraries. promoter_single_guide_hvg_raw_counts_uint16.h5ad: AnnData object with per cell raw counts. Annotations: bpcells_name: Unique cell identifier batch: Library (donor + chip) guide: CRISPR guide RNA (gRNA) assigned to each cell guide_idx: Numeric index encoding the guide RNA identity target_idx: Numeric index encoding the target gene perturbed by the guide RNA target: Gene targeted by the CRISPR guide RNA donor: Biological donor of origin for each cell Alignment: BD Rhapsody v2.2 pipeline Filtering: >1000 genes, <15% ribosomal reads, <10% mitochondrial reads gRNA assignment: SCEPTRE v0.10.3 Filtering: cells with 1 gRNA assigned Filtering: gene expression for 8,001 variable genes
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
Où se fait cette recherche
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Erasmus MC pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Stanford Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Wellcome Sanger Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Stanford University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Goethe University Frankfurt pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Selecta Biosciences (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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German Cancer Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Basel pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New York Genome Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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European Molecular Biology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Organismal Studies pays non établi dans la noticeInstitution
Erasmus MC, Stanford Medicine et Wellcome Sanger Institute, avec 9 autres affiliations.
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