sc3D: A Comprehensive Tool for 3D Spatial Transcriptomic Analysis
Rattachement africain : fr, es. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
gene expression. These results show that sc3D allows reproducible reconstruction and analysis of volumetric spatial omics data across different samples and experimental platforms. Key features • 3D reconstruction: sc3D aligns serial Slide-seq arrays and interpolates between sections to generate volumetric transcriptomic datasets preserving tissue geometries. • Portable data formats: Outputs a .h5ad object storing coordinates, expression, and metadata, readable in Python or napari-sc3D-viewer. • Integrated visualization: The napari plugin enables interactive 3D exploration, virtual in situ hybridization, and gene expression profiling along developmental axes. • Spatial differential expression: Built-in functions detect regionally enriched genes and export quantitative 3D heatmaps and ranked tables.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- sc3D: A Comprehensive Tool for 3D Spatial Transcriptomic Analysis
- Date Crossref
- 01/01/2026
- Éditeur
- Bio-Protocol, LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Aix-Marseille Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut de Biologie du Développement Marseille pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Genomic Regulation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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The Barcelona Institute of Science and Technology Centre for Genomic Regulation (CRG) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre National de la Recherche Scientifique, Aix-Marseille Université et Institut de Biologie du Développement Marseille, avec 2 autres affiliations.
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