esloco: simulation-based estimation of local coverage in long-read DNA sequencing
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Le résumé fourni par la source
SUMMARY: Long-read DNA sequencing is increasingly applied for whole-genome studies, yet experimental planning often lacks reliable estimates of target region coverage, leading to costly and time-consuming pilot studies and replicates. We present esloco, a Monte Carlo-based simulation framework for estimating local coverage in long-read sequencing experiments, including scenarios with unknown target regions (e.g. viral integration, CRISPR-Cas9) or PCR-free designs (e.g. base modifications). By modeling coverage as a function of sequencing depth and read length distribution, esloco enables informed predictions of local sequencing outcomes. Benchmarking across a 45-gene panel demonstrated close agreement with empirical data, underscoring the framework's reliability. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: esloco is a Python package available on PyPI (https://pypi.org/project/esloco/), GitHub (https://github.com/aweich/esloco), and Zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.17776161).
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- esloco: simulation-based estimation of local coverage in long-read DNA sequencing
- Date Crossref
- 03/01/2026
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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German Climate Computing Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Universitätsklinikum Erlangen pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Comprehensive Cancer Center Erlangen pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Department of Dermatology pays non établi dans la noticeInstitution
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Deutsches Zentrum Immuntherapie (DZI) pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Internal Medicine 5 pays non établi dans la noticeInstitution
Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg, German Climate Computing Centre et Universitätsklinikum Erlangen, avec 4 autres affiliations.
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