Germline Pathogenic Variant Prediction Model for Tumor-Only Sequencing Based on Japanese Clinicogenomic Database
Rattachement africain : jp, us, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
PURPOSE: Germline pathogenic variants (GPV) are frequently identified as secondary findings in cancer gene panel testing. Due to limited data on germline conversion rates (GCR) in the Japanese population, clinical decisions have relied on European Society for Medical Oncology (ESMO) criteria. We aimed to develop a variant-level GCR prediction algorithm using a Japanese tumor-normal matched panel database and compare its utility with existing standards. EXPERIMENTAL DESIGN: We analyzed 7,078 Japanese cases from the NCC Oncopanel dataset, focusing on 32 hereditary cancer genes. Clinical features, sample information, sequence results, and minor allele frequency (MAF) in healthy populations were incorporated into a machine learning model and nomogram. Clinical utility was assessed via decision curve analysis and validated using the GenMineTOP dataset. RESULTS: Among 3,372 cases (mean age 61; 51% male), 4,905 pathogenic variants were identified, including 491 GPV (GCR: 10%). High disease-specific GCR were observed in BAP1 (11% in ocular tumors), BRCA1 and/or BRCA2 (13%-16% in ovarian/peritoneal cancers), and NF1 (16% in peripheral nerve tumors). Genes with >50% GCR included RAD51C, BRCA1, PALB2, CHEK2, RET, BRCA2, and PMS2. Significant predictors included age <30, multiple cancers, gene type, cancer type, MAF, relative variant allele frequency to tumor purity, and tumor allele ratio (TAR). The model achieved a c-index of 0.96 to 0.97, outperforming ESMO (0.88), with a 1.2% net benefit at a 5% threshold. The results were confirmed using the GenMineTOP dataset. CONCLUSIONS: Variant-level prediction models for Japanese patients with cancer incorporating TAR and MAF offer improved GPV prediction over gene-level approaches and support clinical decision-making and personalized medicine.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Germline Pathogenic Variant Prediction Model for Tumor-Only Sequencing Based on Japanese Clinicogenomic Database
- Date Crossref
- 17/12/2025
- Éditeur
- American Association for Cancer Research (AACR)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Tokyo Metropolitan Komagome Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Cancer Centre Japan pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Cancer Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National Cancer Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Tokyo Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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The University of Tokyo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Cancer Center Hospital East pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Tokyo National Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Hospital Organization Kyushu Cancer Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Komagome Hospital 1 Department of Musculoskeletal Oncology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Tokyo Metropolitan Cancer and Infectious Diseases Center Komagome Hospital 6 Department of Clinical Genetics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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NHO Kyushu Cancer Center 7 Cancer Genetics Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Tokyo Metropolitan Komagome Hospital, National Cancer Centre Japan et National Cancer Center, avec 9 autres affiliations.
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