Atlas-Free Semi-Automatic Segmentation of Sheep Cerebrospinal Fluid Space from MRI
Rattachement africain : nz, ru. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Automatic segmentation enables the rapid, reliable, and reproducible delineation of anatomical structures within the human brain from magnetic resonance imaging (MRI) scans. While large animal species, such as sheep, are extensively used in experimental brain research, limited research exists on automating the segmentation of their brain structures, including the cerebrospinal fluid (CSF) spaces, compared to that of humans. The development of increasingly automatic segmentation methods for animal brain models has significant implications for experimental research in the management of human pathologies such as mild traumatic brain injury (mTBI). Sheep serve as an ideal model for such advancements due to their similarities to humans in terms of their gyrencephalic brain structure, their long lifespan, and docile nature, which enhance their utility in translational neuroscience research.Here, we present an atlas-free semi-automatic segmentation method for the CSF spaces in sheep, capable of segmenting manually skull-stripped structural MRI images in under one minute. We use the nn-UNet deep learning framework based on convolutional neural networks to train segmentation models on data from four adult sheep brains. When comparing our predictions to manually segmented ground truths, we achieved a high Dice overlap score of 94.05% for the CSF space as a whole, and 75.08% for the intricate ventricular CSF space alone.Clinical relevance-Our atlas-free semi-automatic sheep CSF space segmentation method offers substantial utility in experimental brain research worldwide and holds potential for clinical application upon translation, pending validation on larger clinical datasets.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Atlas-Free Semi-Automatic Segmentation of Sheep Cerebrospinal Fluid Space from MRI
- Date Crossref
- 14/07/2025
- Éditeur
- IEEE
- Type
- proceedings-article
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Où se fait cette recherche
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Auckland Institute of Studies pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Auckland pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bioengineering Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Auckland City Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Brain Research New Zealand pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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tai Medical Research Institute (Mā Mā pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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ABI of the UoA pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Medical and Health Sciences (FMHS) of the UoA pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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FMHS of the UoA pays non établi dans la noticeInstitution
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Centre for Advanced MRI (CAMRI) of the UoA pays non établi dans la noticeInstitution
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Auckland City and Children Hospitals pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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ABI and Centre for Brain Research of the UoA pays non établi dans la noticeInstitution
Auckland Institute of Studies, University of Auckland et Bioengineering Center, avec 9 autres affiliations.
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