Revealing the impact of partial gene duplications in ASH1L: integration of optical genome mapping and RNA sequencing
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INTRODUCTION: Partial gene duplications are structural variants that are challenging to interpret, particularly in the context of neurodevelopmental disorders. The ASH1L gene, associated with autism spectrum disorders and cognitive impairment, exemplifies the complexity of such variants. This study explores the integration of Optical Genome Mapping (OGM) with traditional cytogenetic techniques and RNA sequencing to enhance the characterization of de novo partial gene duplications. METHODS: Initial detection of the duplication was performed using array comparative genomic hybridization (CGH) and exome sequencing, which were insufficient to resolve the detailed structure or predict functional impacts. OGM was employed to clarify the structural arrangement, while RNA sequencing assessed the expression profile of the ASH1L gene. RESULTS: OGM identified a tandem arrangement of two duplications at 1q22. One duplication resulted in a 3-exon intragenic duplication with a predicted frameshift effect, which conventional methods had misinterpreted as a single event. RNA sequencing revealed no reduction in ASH1L mRNA levels despite the frameshift, suggesting the non-activation of the nonsense-mediated decay (NMD) system. DISCUSSION: These findings challenge conventional views on the functional consequences of structural variants. The study demonstrates the capability of OGM to uncover complex genomic rearrangements that evade detection by traditional methods. Integrating advanced genomic tools enhances diagnostic precision and broadens our understanding of the pathogenicity of structural variants in developmental disorders.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Revealing the impact of partial gene duplications in ASH1L: integration of optical genome mapping and RNA sequencing
- Date Crossref
- 02/12/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Normandie Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Génomique du cancer et du cerveau pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Rouen Normandie pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre Hospitalier Universitaire de Rouen pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Paris-Saclay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre National de Recherche en Génomique Humaine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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CEA Paris-Saclay pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Univ Rouen Normandie Department of Genetics and reference Center for Developmental Disorders pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CBG - Cancer and Brain Genomics (22 pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of genetics and reference center for developmental disorders (France) pays non établi dans la noticeInstitution
Inserm, Normandie Université et Génomique du cancer et du cerveau, avec 9 autres affiliations.
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