Longitudinal single cell multi-omic profiling of Nicaraguan children reveals trajectories of pediatric immune development and variation 2840
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Le résumé fourni par la source
Abstract Description The state of the immune system varies widely within individuals over time and between populations. These variations make it difficult to predict the response to infection, vaccination, and other stimuli. Recent studies have begun to highlight how age, sex, genes, and environment shape the immune system, but a more quantitative understanding of how each of these factors contributes to immune variation is still lacking, particularly in children and in low- and middle-income countries. We previously generated a large-scale longitudinal blood transcriptomic dataset from a long-standing pediatric cohort study in Nicaragua with bulk RNA-Seq data on 679 blood samples from 115 healthy children sampled each March for six consecutive years in 3 overlapping age cohorts (ages 1-5 or 2-6, 5-10 and 9-14), and dissected the source and structure of gene expression variation. Here, we performed single-cell CITE / TCR / BCR and ATAC-Seq profiling for 16 representative individuals and integrated the results. We observe age-dependent trends across the multi-omic layers some of which were attributable to immune cell populations. Nevertheless, for most genes this was dominated by subject-specific patterns of expression, even after controlling for sex. Ultimately, we identify a set of interferon-related genes that decrease dramatically in early life and demonstrate that certain signatures predictive for vaccine responses and immunity show increasingly large amounts of individuality as children age. Topic Categories Computational and Systems Immunology (COMP)
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Longitudinal single cell multi-omic profiling of Nicaraguan children reveals trajectories of pediatric immune development and variation 2840
- Date Crossref
- 01/11/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Yale University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institute of Allergy and Infectious Diseases GSK pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of California pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Michigan pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Maryland pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yale School of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sustainable Sciences Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Yale University, GSK — National Institute of Allergy and Infectious Diseases et University of California, avec 4 autres affiliations.
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