Long-term fixation impact on archived human nervous tissues for sequencing-based transcriptomics
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Le résumé fourni par la source
The advent of transcriptomics technologies compatible with formalin-fixed paraffin-embedded tissues has enabled greater opportunities for scientists to interrogate the transcriptome of archived tissues, especially those from rare neurodegenerative diseases. Tissues from brain banks are often placed in fixative for weeks or years due to limitations in resources and storage space. We investigated the impact of long-term fixation for sequencing-based transcriptomics in human formalin-fixed paraffin-embedded lumbar spinal cord and hypothalamic tissues sourced from the Sydney Brain Bank. Extended fixation times were not associated with RNA quality metrics, RNA integrity number or DV200. However, fixation duration was associated with poorer ligation of transcriptome probes, leading to poorer detection of RNA molecules. This led to lower measured central nervous system gene expression, severely impacting the interpretability of the transcriptome. The findings of this study underscore the importance of adaptability and standardization among brain banks, especially in the face of rapid technological advancements. There is a need to foster collaborative efforts between researchers, technology providers and brain banks worldwide to ensure tissue compatibility with emerging technologies.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Long-term fixation impact on archived human nervous tissues for sequencing-based transcriptomics
- Date Crossref
- 01/01/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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The University of Queensland Australian Institute of Bioengineering and Nanotechnology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Neuroscience Research Australia pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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QIMR Berghofer Medical Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Queensland Institute of Medical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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School of Biomedical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Australian Institute of Bioengineering and Nanotechnology — The University of Queensland, Neuroscience Research Australia et QIMR Berghofer Medical Research Institute, avec 2 autres affiliations.
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