RNA-seq analysis of wild-type and mutated TBPL1 gene in breast cancer cells lines through CRISPR/Cas9 approach reveals novel molecular signatures
Rattachement africain : mx. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Breast cancer is the leading cause of death among women globally. Several genes have been found to be transcriptionally dysregulated in cancer, according to recent studies. TATA-box binding protein (TBP) and its two paralogs, TBPL1 and TBPL2, play roles in human transcription. The TBPL1 gene is implicated in colorectal carcinomas by suppressing the expression of miR-18a. However, its function in breast cancer remains undisclosed. TBPL1 is distantly related to TBP and possesses a 40% similarity with TBP's core domain. In the present study, we explored the potential role of the TBPL1 gene in transcriptome regulation by knocking out the TBPL1 gene through the CRISPR/Cas9 method. Following the knockout of the TBPL1 gene, we examined the gene transcription patterns and compared them to wild-type cell lines. We observed disparate signatures of upregulated and downregulated genes in wild-type and mutated conditions. Healthy breast MCF-12F, and T47D, SKBR3, and MDA-MB-231 breast cancer cell lines were assessed, as these cancer cells exhibit overexpression of the TBPL1 gene. Next-generation sequencing data revealed distinct marker genes regulated by the TBPL1 gene and their potential involvement in cell migration, proliferation, anti-apoptosis, and metastasis. Additionally, we also discovered novel lncRNAs implicated in the transcriptome analysis of the TBPL1 knocked-out gene. Our investigation indicated that this gene might affect varied stages of breast cancer cell lines' cellular properties, such as cell duplication, morphology, and growth. It might also contribute to tumor formation in more aggressive cell lines like MDA-MB-231 in vivo.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- RNA-seq analysis of wild-type and mutated TBPL1 gene in breast cancer cells lines through CRISPR/Cas9 approach reveals novel molecular signatures
- Date Crossref
- 28/10/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Instituto Politécnico Nacional Departmento de Zoología pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
National Institute of Genomic Medicine pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Universidad Nacional Autónoma de México pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Center for Research and Advanced Studies of the National Polytechnic Institute (Cinvestav) Department of Cell Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Laboratory of Functional Genomics of Cancer pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
National Autonomous University of Mexico (UNAM) Biological Sciences Graduate Program pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Laboratory of Biomedical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Laboratorios de Especialidades Inmunológicas (LEI) pays non établi dans la noticeInstitution
Departmento de Zoología — Instituto Politécnico Nacional, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional et National Institute of Genomic Medicine, avec 6 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.