Comprehensive benchmarking of somatic single-nucleotide variant and indel detection at ultra-low allele fractions using short- and long-read data
Rattachement africain : us, kr, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Mosaic mutations in normal tissues occur at low variant allele fractions (VAFs), complicating detection. To benchmark strategies, the SMaHT Network created a cell-line mixture (1:49) and produced ultra-deep whole-genome sequencing using short and long reads (five centers, 180-500× each). We assembled a reference of 44,008 mosaic SNVs and 2,059 Indels, cross-validation between platforms to expose limits of short-read analysis. We also partitioned the genome by mappability to examine the impact of genomic context, added a negative reference set, and accounted for culture-derived mutations. When seven institutions applied eleven algorithms to mixture data, call sets were largely discordant across tools and replicates, partly reflecting stochastic presence of low-VAF mutations in biological replicants. For >2% VAF SNVs, sensitivity and precision approached ~80% at ≥300×, with little gain from additional sequencing. This work provides a comprehensive framework for reliable detection of low-VAF mutations in non-cancer tissues and a valuable resource for the community.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Comprehensive benchmarking of somatic single-nucleotide variant and indel detection at ultra-low allele fractions using short- and long-read data
- Date Crossref
- 14/10/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hanyang University Department of Life Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Utah Department of Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Seattle Children's Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Seattle Children's Research Institute Center for Developmental Biology and Regenerative Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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European Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Washington University in St. Louis pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New York Genome Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Massachusetts General Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Washington Department of Genome Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Harvard University, Department of Life Science — Hanyang University et Department of Human Genetics — University of Utah, avec 9 autres affiliations.
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