Freezing of Vaginal Swabs Prior to DNA Purification Does Not Statistically Significantly Affect Microbiome Composition
Rattachement africain : dk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Vaginal microbiome profiles may be affected by storage conditions, especially after human DNA depletion, yet systematic evaluations are limited. To assess the short-term impact of storage temperature on vaginal microbiome composition following host DNA depletion. Vaginal swabs were stored at 5°C (48 h), -20°C (3 weeks), or -80°C (3 weeks). DNA was extracted using the MolYsis Complete5 kit and profiled with MetaPhlAn4. Alpha and beta diversity metrics and differential abundance tests (CLR-transformed, Kruskal-Wallis and Wilcoxon with FDR correction) were applied. Internal quality controls (IQCs) assessed reproducibility and storage bias. No significant differences were found in alpha diversity, relative abundances (Kruskal-Wallis p = 0.786), or global beta diversity (ANOSIM R = - 0.042, p = 0.937). PERMANOVA showed a trend (F = 3.51, p = 0.061), but ANCOM-BC2 found no differentially abundant taxa. IQCs revealed variation in low-abundance Gram-negative species after freezing. Vaginal microbiome composition remained largely stable under short-term freezing conditions (-20°C and -80°C), supporting their use in clinical and research workflows. Nonetheless, subtle shifts in low-abundance or fragile taxa may occur and should be interpreted with caution in studies emphasizing microbial fine structure or biomarker discovery.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Freezing of Vaginal Swabs Prior to DNA Purification Does Not Statistically Significantly Affect Microbiome Composition
- Date Crossref
- 28/08/2025
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Copenhagen Department of Clinical Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hvidovre Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Copenhagen University Hospital Department of Clinical Microbiology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Roskilde University Department of Science and Environment pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Rigshospitalet pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University College Copenhagen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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IT University of Copenhagen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School of Health and Medical Sciences Department of Clinical Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Clinical Medicine — University of Copenhagen, Hvidovre Hospital et Department of Clinical Microbiology — Copenhagen University Hospital, avec 5 autres affiliations.
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