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A realistic phantom dataset for benchmarking cryo-ET data annotation

Ariana Peck, Yue Eric Yu, Jonathan Schwartz, Anchi Cheng, Utz H. Ermel, Joshua Hutchings, Saugat Kandel, Dari Kimanius, Elizabeth A. Montabana, Daniel Serwas, Hannah Siems, Feng Wang, Zhuowen Zhao, Shawn Q. Zheng, Matthias Haury, David A. Agard, Clinton S. Potter, Bridget O Carragher, Kyle Harrington, Mohammadreza Paraan

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2Institutions déclarées

1Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Cryo-electron tomography (cryo-ET) is a powerful technique for imaging molecular complexes in their native cellular environments. However, identifying the vast majority of molecular species in cellular tomograms remains prohibitively difficult. Machine learning (ML) methods provide an opportunity to automate the annotation process, but algorithm development has been hindered by the lack of large, standardized datasets. Here we present an experimental phantom dataset with comprehensive ground-truth annotations for six molecular species to spur new algorithm development and benchmark existing tools. This annotated dataset is available on the CryoET Data Portal with infrastructure to streamline access for methods developers across fields.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: A realistic phantom dataset for benchmarking cryo-ET data annotation
Date Crossref: 26/08/2025
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
Type: journal-article

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

University of California Department of Biochemistry & Biophysics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Chan Zuckerberg Initiative (United States) pays non établi dans la notice
Entreprise
Chan Zuckerberg Institute for Advanced Biological Imaging (CZ Imaging Institute) pays non établi dans la notice
Structure de recherche

Department of Biochemistry & Biophysics — University of California, Chan Zuckerberg Initiative (United States) et Chan Zuckerberg Institute for Advanced Biological Imaging (CZ Imaging Institute).

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

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