Chromosomal-level genome of the Pinus massoniana ‘Minlin WY36’
Rattachement africain : cn, be, tw, Afrique du Sud. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Owing to conifers complex and large genomes, it is challenging to construct a comprehensive reference genome and conduct evolutionary and genomic research. Here, we present the chromosome-level assembly of Pinus massoniana ‘Minlin WY36’, a pioneering conifer species used for afforestation, timber production, and oleoresin extraction. The genome size was determined to be 23.41 Gb, with a contig N50 value of 1.15 Mb and a scaffold N50 value of 2.02 Gb. A total of 23.16 Gb of reads (98.93% of the assembled genome) were anchored and oriented onto 12 pseudochromosomes, with chromosome lengths from 1.47 to 2.29 Gb. A total of 32,144 protein-coding genes were predicted, of which 27,173 (84.54%) were functionally annotated. The P. massoniana ‘Minlin WY36’ genome consists of 79.41% (18.57 Gb) repetitive sequences, among which long terminal repeat sequences (LTR) were the most abundant. Through comparative genomic analysis, we found that the unique and significantly expanded genes in P. massoniana ‘Minlin WY36’ were enriched in the metabolism related to resin synthesis. This study offers valuable insights into conifer evolution and contributes resources for further investigations of conifer adaptation and developmental processes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- Chromosomal-level genome of the <i>Pinus massoniana</i> ‘Minlin WY36’
- Date Crossref
- 26/06/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Fujian Agriculture and Forestry University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ghent University Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Tsinghua University Tsinghua-Berkeley Shenzhen Institute (TBSI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Cheng Kung University Institute of Tropical Plant Sciences and Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Nanjing Agricultural University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jiangsu Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Pretoria Department of Biochemistry University of Pretoria, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Fujian Colleges and Universities Engineering Research Institute of Conservation and Utilization of Natural Bioresources pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration for Orchid Conservation and Utilization at College of Landscape Architecture and Art pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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PubBio-Tech pays non établi dans la noticeInstitution
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Wuyi Forestry Farm of Fujian pays non établi dans la noticeInstitution
Fujian Agriculture and Forestry University, Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics — Ghent University et Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.