Super-giga and tiny orchid genomes illuminate evolution of Orchidaceae
Rattachement africain : cn, be, tw, sk, np, jp, Afrique du Sud. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Orchidaceae (orchids) is commonly known as one of the largest families of seed plants, and grow in an extensive range of habitats worldwide. In the present study, we generated chromosome-level reference genomes for two orchids using a combination of PacBio, Illumina, and Hi-C sequencing, Cypripedium singchii has the largest genome and chromosomes among the sequenced species so far, with a genome size of 43.19 Gb (1C) with ten chromosomes, and Apostasia fujianica has the smallest known genome and chromosomes in Orchidaceae, with a genome size of 340.90 Mb (1C) with 35 chromosomes. We predicted a total of 32,412 and 21,724 protein-coding genes for C. singchii and A. fujianica , respectively. The overall BUSCO score was 85.01% for C. singchii and 91.80% in A. fujianica . Based on protein-coding sequences from 55 conserved single-copy families across 21 plant species, we constructed a high-confidence phylogenetic tree and estimated the divergence times. The high-quality genomes of super-giga and tiny orchids offer key insight for future evolutionary researches.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Super-giga and tiny orchid genomes illuminate evolution of Orchidaceae
- Date Crossref
- 17/06/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Fujian Agriculture and Forestry University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Tsinghua University Tsinghua-Berkeley Shenzhen Institute (TBSI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ghent University Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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VIB-UGent Center for Plant Systems Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National Chung Hsing University Institute of Molecular Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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ZheJiang Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National Chiayi University Department of Agronomy pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Cheng Kung University Graduate Program in Translational Agriculture Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Botany of the Slovak Academy of Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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State Key Laboratory of Plant Genomics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Chinese Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
Fujian Agriculture and Forestry University, Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute et Tsinghua-Berkeley Shenzhen Institute (TBSI) — Tsinghua University, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
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