cellSTAAR: Incorporating single-cell-sequencing-based functional data to boost power in rare variant association testing of non-coding regions
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Le résumé fourni par la source
Abstract Whole genome sequencing (WGS) studies have identified hundreds of millions of rare variants (RVs) and have enabled RV association tests (RVATs) of these variants with complex traits and diseases. Analysis of non-coding variants is challenged by the considerable variability in regulatory function which candidate Cis-Regulatory Elements (cCREs) exhibit across cell types. We propose cellSTAAR, which integrates WGS data with single-cell ATAC-seq data to capture variability in chromatin accessibility across cell types via the construction of cell-type-specific functional annotations and variant sets. To reflect the uncertainty in cCRE-gene linking, cellSTAAR also links cCREs to their target genes using an omnibus framework which aggregates results from a variety of popular linking approaches. We applied cellSTAAR on Freeze 8 (N = 60,000) of the NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) consortium data to four lipids phenotypes: LDL cholesterol, a binary variable corresponding to high LDL cholesterol, HDL cholesterol, and triglycerides. We also provide replication results for all four phenotypes using UK Biobank (N = 190,000). Evidence from simulation studies and our real data analysis demonstrates that cellSTAAR boosts power and improves interpretation of RVATs of cCREs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- cellSTAAR: Incorporating single-cell-sequencing-based functional data to boost power in rare variant association testing of non-coding regions
- Date Crossref
- 26/04/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Duke University Department of Biostatistics and Bioinformatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of North Carolina at Chapel Hill Department of Biostatistics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute Program in Medical and Population Genetics pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Massachusetts General Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Northeast Normal University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Wake Forest University Department of Biochemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of South Carolina Provost Office pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Texas Rio Grande Valley pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Texas Health Science Center at Houston Brown Foundation Institute of Molecular Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Brigham and Women's Hospital Division of Sleep and Circadian Disorders pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Harvard University, Department of Biostatistics and Bioinformatics — Duke University et Department of Biostatistics — University of North Carolina at Chapel Hill, avec 9 autres affiliations.
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