Phased high-quality genome of the gymnosperm Himalayan Yew assists in paclitaxel pathway exploration
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Le résumé fourni par la source
BACKGROUND: Taxus wallichiana is an important species for paclitaxel production. Previous genome versions for Taxus spp. have been limited by extensive gaps, hindering the complete annotation and mining of paclitaxel (known as Taxol commercially) synthesis pathway-related genes. RESULTS: Here, we present the first phased high-quality reference genome of T. wallichiana, which significantly improves assembly quality and corrects large-scale assembly errors present in previous versions. The 2 haplotypes are 9.87 Gb and 9.98 Gb in length, respectively, and all 24 chromosomes were assembled with telomeres at both ends. Based on this high-quality genome (TWv1), we inferred that the candidate sex chromosome of T. wallichiana is chr12, and its sex determination system may follow a ZW model. Particularly, we identified and experimentally validated a batch of 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenases (ODDs), which may be key C4β-C20 epoxidases in the paclitaxel synthesis pathway. CONCLUSIONS: This study not only provides a valuable data resource for gene mining in the biosynthetic pathways of secondary metabolites, such as paclitaxel, but also offers the highest-quality reference genome of gymnosperms to date for the identification of sex chromosomes, facilitating comparative genomic studies among gymnosperms.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Phased high-quality genome of the gymnosperm Himalayan Yew assists in paclitaxel pathway exploration
- Date Crossref
- 01/01/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Northwestern Polytechnical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Tianjin Institute of Industrial Biotechnology pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Hubei University of Technology Key Laboratory of Fermentation Engineering (Ministry of Education) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Synlab Czech (Czechia) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Heilongjiang Institute of Wood Science pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Jinggangshan University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kunming Institute of Zoology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Chinese Institute for Brain Research pays non établi dans la noticeOrganisme public
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School of Ecology and Environment New Cornerstone Science Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Key Laboratory of Systems Microbial Biotechnology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Jiaxing Synbiolab Biotechnology Co. pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Northwestern Polytechnical University, Chinese Academy of Sciences et Tianjin Institute of Industrial Biotechnology, avec 9 autres affiliations.
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