paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host–parasite single-cell RNA-seq data
Rattachement africain : gb, es, de, fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Advances in sequencing technology have led to a dramatic increase in the number of single-cell transcriptomic datasets. In the field of parasitology, these datasets typically describe the gene expression patterns of a given parasite species at the single-cell level under experimental conditions, in specific hosts or tissues, or at different life cycle stages. However, while this wealth of available data represents a significant resource, analysing these datasets often requires expert computational skills, preventing a considerable proportion of the parasitology community from meaningfully integrating existing single-cell data into their work. Here, we present paraCell, a novel software tool that allows the user to visualize and analyse pre-loaded single-cell data without requiring any programming ability. The source code is free to allow remote installation. On our web server, we demonstrated how to visualize and re-analyse published Plasmodium and Trypanosoma datasets. We have also generated Toxoplasma-mouse and Theileria-cow scRNA-seq datasets to highlight the functionality of paraCell for pathogen-host interaction. The analysis of the data highlights the impact of the host interferon-γ response and gene expression profiles associated with disease susceptibility by these intracellular parasites, respectively.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host–parasite single-cell RNA-seq data
- Date Crossref
- 08/02/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Glasgow esearch Software Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Software (Spain) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Heidelberg University Centre for Infectious Diseases pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital Heidelberg pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Edinburgh pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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School of Infection & Immunity pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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MVLS SRF pays non établi dans la noticeInstitution
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School of Biological Sciences Institute for Immunology and Infection Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Biodiversity pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CNRS LPHI pays non établi dans la noticeStructure de recherche
esearch Software Engineering — University of Glasgow, Software (Spain) et Centre for Infectious Diseases — Heidelberg University, avec 9 autres affiliations.
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