Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
Rattachement africain : us, au. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Large-scale changes in the structure and cellular makeup of the distal lung are a hallmark of pulmonary fibrosis (PF), but the spatial contexts that contribute to disease pathogenesis have remained uncertain. Using image-based spatial transcriptomics, we analyzed the gene expression of 1.6 million cells from 35 unique lungs. Through complementary cell-based and innovative cell-agnostic analyses, we characterized the localization of PF-emergent cell types, established the cellular and molecular basis of classical PF histopathologic features and identified a diversity of distinct molecularly defined spatial niches in control and PF lungs. Using machine learning and trajectory analysis to segment and rank airspaces on a gradient of remodeling severity, we identified compositional and molecular changes associated with progressive distal lung pathology, beginning with alveolar epithelial dysregulation and culminating with changes in macrophage polarization. Together, these results provide a unique, spatially resolved view of PF and establish methods that could be applied to other spatial transcriptomic studies.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
- Date Crossref
- 03/02/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Translational Genomics Research Institute Division of Bioinnovation and Genome Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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The University of Melbourne Melbourne Integrative Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Melbourne Genomics Health Alliance pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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St Vincents Institute of Medical Research pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Vanderbilt University Medical Center Department of Pediatrics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Vanderbilt University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Michigan Department of Internal Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tucson Orthopaedic Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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School of Mathematics and Statistics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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St. Vincent's Institute of Medical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Department of Veterans Affairs Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Norton Thoracic Institute Department of Thoracic Disease and Transplantation pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Division of Bioinnovation and Genome Sciences — Translational Genomics Research Institute, Melbourne Integrative Genomics — The University of Melbourne et Melbourne Genomics Health Alliance, avec 9 autres affiliations.
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