An atlas of transcription initiation reveals regulatory principles of gene and transposable element expression in early mammalian development
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Le résumé fourni par la source
Transcriptional activation of the embryonic genome (EGA) is a major developmental landmark enabling the embryo to become independent from maternal control. The magnitude and control of transcriptional reprogramming during this event across mammals remains poorly understood. Here, we developed Smart-seq+5' for high sensitivity, full-length transcript coverage and simultaneous capture of 5' transcript information from single cells and single embryos. Using Smart-seq+5', we profiled 34 developmental stages in 5 mammalian species and provide an extensive characterization of the transcriptional repertoire of early development before, during, and after EGA. We demonstrate widespread transposable element (TE)-driven transcription across species, including, remarkably, of DNA transposons. We identify 19,657 TE-driven genic transcripts, suggesting extensive TE co-option in early development over evolutionary timescales. TEs display similar expression dynamics across species and species-specific patterns, suggesting shared and divergent regulation. Our work provides a powerful resource for understanding transcriptional regulation of mammalian development.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- An atlas of transcription initiation reveals regulatory principles of gene and transposable element expression in early mammalian development
- Date Crossref
- 01/02/2025
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Helmholtz Munich pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Epigenetics and Stem Cells pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ludwig-Maximilians-Universität München pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Lyon 1 Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut Cellule Souche et Cerveau pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Délégation Régionale Auvergne-Rhône-Alpes pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Agency for Science pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Genome Institute of Singapore pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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X-Fab (Germany) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Helmholtz Munich, Institute of Epigenetics and Stem Cells et Ludwig-Maximilians-Universität München, avec 9 autres affiliations.
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