PCA-based spatial domain identification with state-of-the-art performance
Rattachement africain : de, dk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
MOTIVATION: The identification of biologically meaningful domains is a central step in the analysis of spatial transcriptomic data. RESULTS: Following Occam's razor, we show that a simple PCA-based algorithm for unsupervised spatial domain identification rivals the performance of ten competing state-of-the-art methods across six single-cell spatial transcriptomic datasets. Our reductionist approach, NichePCA, provides researchers with intuitive domain interpretation and excels in execution speed, robustness, and scalability. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The code is available at https://github.com/imsb-uke/nichepca.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- PCA-based spatial domain identification with state-of-the-art performance
- Date Crossref
- 26/12/2024
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Universität Hamburg pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Medical Center Hamburg-Eppendorf III Department of Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Aarhus University Department of Clinical Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Aarhus University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Universität Hamburg, III Department of Medicine — University Medical Center Hamburg-Eppendorf et Department of Clinical Medicine — Aarhus University, avec 1 autre affiliation.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.