Cross-dataset pan-cancer detection: Correlating cell-free DNA fragment coverage with open chromatin sites across cell types
Rattachement africain : dk, sg. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract The fragmentation patterns of whole genome sequenced cell-free DNA are promising features for tumor-agnostic cancer detection. However, systematic biases challenge their cross-cohort generalization. We introduce LIONHEART, a novel, open source cancer detection method specifically optimized to generalize across datasets. The method correlates bias-corrected cfDNA fragment coverage across the genome with the locations of accessible chromatin regions from 898 cell and tissue type features. We use these correlations to detect changes in the cell-free DNA cell type composition caused by cancer. We test LIONHEART on nine datasets and fourteen cancer types (1106 non-cancer controls, 1449 cancers) obtained from different studies and show that it can distinguish cancer samples from non-cancer controls across cohorts with ROC AUC scores ranging from 0.62-0.95 (mean = 0.83, std = 0.12). We further validate the method on an external dataset, achieving a ROC AUC of 0.917.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Cross-dataset pan-cancer detection: Correlating cell-free DNA fragment coverage with open chromatin sites across cell types
- Date Crossref
- 28/11/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Aarhus University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Genome Institute of Singapore pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Aarhus University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
Copenhagen University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Aarhus University, Genome Institute of Singapore et Aarhus University Hospital, avec 1 autre affiliation.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.