Understanding the biological processes of kidney carcinogenesis: an integrative multi-omics approach
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Le résumé fourni par la source
Biological mechanisms related to cancer development can leave distinct molecular fingerprints in tumours. By leveraging multi-omics and epidemiological information, we can unveil relationships between carcinogenesis processes that would otherwise remain hidden. Our integrative analysis of DNA methylome, transcriptome, and somatic mutation profiles of kidney tumours linked ageing, epithelial-mesenchymal transition (EMT), and xenobiotic metabolism to kidney carcinogenesis. Ageing process was represented by associations with cellular mitotic clocks such as epiTOC2, SBS1, telomere length, and PBRM1 and SETD2 mutations, which ticked faster as tumours progressed. We identified a relationship between BAP1 driver mutations and the epigenetic upregulation of EMT genes (IL20RB and WT1), correlating with increased tumour immune infiltration, advanced stage, and poorer patient survival. We also observed an interaction between epigenetic silencing of the xenobiotic metabolism gene GSTP1 and tobacco use, suggesting a link to genotoxic effects and impaired xenobiotic metabolism. Our pan-cancer analysis showed these relationships in other tumour types. Our study enhances the understanding of kidney carcinogenesis and its relation to risk factors and progression, with implications for other tumour types.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Understanding the biological processes of kidney carcinogenesis: an integrative multi-omics approach
- Date Crossref
- 26/11/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre international de recherche sur le cancer pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Oxford Cancer Epidemiology Unit pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cancer Research UK Oxford Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Charles University Institute of Public Health & Preventive Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institute Of Hygiene And Epidemiology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University Hospital Center Dr Dragiša Mišović pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Nofer Institute of Occupational Medicine Department of Environmental Epidemiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National Institute of Oncology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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The Maria Sklodowska-Curie National Research Institute of Oncology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Russian Cancer Research Center NN Blokhin pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Palacký University Olomouc pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Observational & Pragmatic Research Institute pays non établi dans la noticeInstitution
Centre international de recherche sur le cancer, Cancer Epidemiology Unit — University of Oxford et Cancer Research UK Oxford Centre, avec 9 autres affiliations.
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