Central role of glycosylation processes in human genetic susceptibility to SARS-CoV-2 infections with Omicron variants
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Le résumé fourni par la source
The host genetics of SARS-CoV-2 has previously been studied based on cases from the earlier waves of the pandemic in 2020 and 2021, identifying 51 genomic loci associated with infection and/or severity. SARS-CoV-2 has shown rapid sequence evolution increasing transmissibility, particularly for Omicron variants, which raises the question whether this affected the host genetic factors. We performed a genome-wide association study of SARS-CoV-2 infection with Omicron variants including more than 150,000 cases from four cohorts. We identified 13 genome-wide significant loci, of which only five were previously described as associated with SARS-CoV-2 infection. The strongest signal was a single nucleotide polymorphism (SNP) intronic of ST6GAL1, a gene affecting immune development and function, and connected to three other associated loci (harboring MUC1, MUC5AC and MUC16) through O-glycan biosynthesis. We also found further evidence for an involvement of blood group systems in SARS-CoV-2 infection, as we observed association 1) for a different lead SNP in the ABO locus indicating a protective effect of blood group B against Omicron infection, 2) for the FUT2 SNP tagging secretor status also reported for SARS-CoV-2 infection with earlier variants, and 3) for the strongest expression quantitative trait locus (eQTL) for FUT3 (Lewis gene). Our study provides robust evidence for individual genetic variation related to glycosylation translating into susceptibility to SARS-CoV-2 infections with Omicron variants.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Central role of glycosylation processes in human genetic susceptibility to SARS-CoV-2 infections with Omicron variants
- Date Crossref
- 22/11/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Statens Serum Institut Department of Epidemiology Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Copenhagen University Hospital Department of Clinical Immunology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Rigshospitalet pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Helsinki Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute for Molecular Medicine Finland pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Tartu Institute of Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute Molecular and Population Genetics Program pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Massachusetts General Hospital Center for Genomic Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Zealand University Hospital Department of Clinical Immunology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Zealand University Hospital Køge pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Aalborg University Hospital Department of Clinical Immunology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Copenhagen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Epidemiology Research — Statens Serum Institut, Department of Clinical Immunology — Copenhagen University Hospital et Rigshospitalet, avec 9 autres affiliations.
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