Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV
Rattachement africain : it. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Signatures of neurodegeneration in clinical samples from a subject with multiple sclerosis (MS) acutely infected with HIV were investigated with single-cell transcriptomics using 10X Chromium technology. Sequencing was carried out on NovaSeq-TM, and the analysis was performed with Cell Ranger software (v 7.1.0) associated with a specifically established bioinformatic pipeline. A total of 1446 single-cell transcriptomes in cerebrospinal fluid (CSF) and 4647 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were obtained. In the CSF, many T-cell lymphocytes with an enriched amount of plasma cells and plasmacytoid dendritic (pDC) cells, as compared to the PBMCs, were detected. An unsupervised cluster analysis, putting together our patient transcriptomes with those of a publicly available MS scRNA-seq dataset, showed up-regulated microglial neurodegenerative gene expression in four clusters, two of which included our subject’s transcriptomes. A few HIV-1 transcripts were found only in the CD4 central memory T-cells of the CSF compartment, mapping to the gag-pol, vpu, and env regions. Our data, which describe the signs of neurodegenerative gene expression in a very peculiar clinical situation, did not distinguish the cause between multiple sclerosis and HIV infection, but they can give a glimpse of the high degree of resolution that may be obtained by the single-cell transcriptomic approach.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV
- Date Crossref
- 28/09/2024
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Università degli Studi della Tuscia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Carlo Forlanini Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Clinical and Research Infectious Department pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Laboratory of Virology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory of Microbiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Tuscia Department for Innovation in Biological pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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San Camillo Forlanini Hospital Neurology Department pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Institute for Infectious Diseases Lazzaro Spallanzani-IRCCS Scientific Direction pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani, Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico et Università degli Studi della Tuscia, avec 7 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.