Decoding the diagnostic and therapeutic potential of microbiota using pan-body pan-disease microbiomics
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Le résumé fourni par la source
The human microbiome emerges as a promising reservoir for diagnostic markers and therapeutics. Since host-associated microbiomes at various body sites differ and diseases do not occur in isolation, a comprehensive analysis strategy highlighting the full potential of microbiomes should include diverse specimen types and various diseases. To ensure robust data quality and comparability across specimen types and diseases, we employ standardized protocols to generate sequencing data from 1931 prospectively collected specimens, including from saliva, plaque, skin, throat, eye, and stool, with an average sequencing depth of 5.3 gigabases. Collected from 515 patients, these samples yield an average of 3.7 metagenomes per patient. Our results suggest significant microbial variations across diseases and specimen types, including unexpected anatomical sites. We identify 583 unexplored species-level genome bins (SGBs) of which 189 are significantly disease-associated. Of note, the existence of microbial resistance genes in one specimen was indicative of the same resistance genes in other specimens of the same patient. Annotated and previously undescribed SGBs collectively harbor 28,315 potential biosynthetic gene clusters (BGCs), with 1050 significant correlations to diseases. Our combinatorial approach identifies distinct SGBs and BGCs, emphasizing the value of pan-body pan-disease microbiomics as a source for diagnostic and therapeutic strategies.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Decoding the diagnostic and therapeutic potential of microbiota using pan-body pan-disease microbiomics
- Date Crossref
- 26/09/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Saarland University Clinical Bioinformatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Medical Microbiology and Hygiene pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Innsbruck Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Université franco-allemande pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Clinic for Dermatology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Medical University of Innsbruck Institute of Physiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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PharmaScienceHub pays non établi dans la noticeInstitution
Clinical Bioinformatics — Saarland University, Institute of Medical Microbiology and Hygiene et Innsbruck Medical University, avec 5 autres affiliations.
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