From Genes to Pathways: A Curated Gene Approach to Accurate Pathway Reconstruction in Teleost Fish Transcriptomics
Rattachement africain : jp, tw, pf, fr, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Interpreting the vast amounts of data generated by high-throughput sequencing technologies can often present a significant challenge, particularly for non-model organism. While automated approaches like GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) enrichment analyses are widely used, they often lack specificity for non-model organisms. To bridge this gap, we present a manually curated gene list tailored for teleost fish transcriptomics. This resource focuses on key biological processes crucial for understanding teleost fish physiology, development, and adaptation, including hormone signaling, various metabolic pathways, appetite regulation, digestion, gastrointestinal function, vision, ossification, osmoregulation, and pigmentation. Developed through collaborative efforts of specialists in diverse fields, the list prioritizes genes with established roles in teleost physiology, experimental evidence, and conservation across species. This curated list aims to provide researchers with a reliable starting point for transcriptomic analyses, offering a carefully evaluated set of genes relevant to current research priorities. By streamlining the process of gene selection and interpretation, this resource supports the broader teleost fish research community in designing and analyzing studies that investigate molecular responses to developmental and environmental changes. We encourage the scientific community to collaboratively expand and refine this list, ensuring its continued relevance and utility for teleost fish research.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- From Genes to Pathways: A Curated Gene Approach to Accurate Pathway Reconstruction in Teleost Fish Transcriptomics
- Date Crossref
- 24/09/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University Marine Eco-Evo-Devo Unit pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Institute of Cellular and Organismic Biology Marine Research Station pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
University of French Polynesia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Ifremer pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Université de Montpellier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Marine Biodiversity Exploitation and Conservation pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Institut de Recherche pour le Développement pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Sorbonne Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Biologie Intégrative des Organismes Marins pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
University of Mississippi Medical Center Department of Cellular and Molecular Biology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Marine Eco-Evo-Devo Unit — Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Marine Research Station — Institute of Cellular and Organismic Biology et Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.