Assessment of DNA quality for whole genome library preparation
Rattachement africain : se. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
In recent years, more sophisticated DNA technologies for genotyping have enabled considerable progress in various fields such as clinical genetics, archaeogenetics and forensic genetics. DNA samples previously rejected as too challenging to analyze due to low amounts of degraded DNA can now provide useful information. To increase the chances of success with the new methodologies, it is crucial to know the fragment size of the template DNA molecules, and whether the DNA in a sample is mostly single or double stranded. With this knowledge, an appropriate library preparation method can be chosen, and the DNA shearing parameters of the protocol can be adjusted to the DNA fragment size in the sample. In this study, we first developed and evaluated a user-friendly fluorometry-based protocol for estimation of DNA strandedness. We also evaluated different capillary electrophoresis methods for estimation of DNA fragmentation levels. Next, we applied the developed methodologies to a broad variety of DNA samples processed with different DNA extraction protocols. Our findings show that both the applied DNA extraction method and the sample type affect the DNA strandedness and fragmentation. The established protocols and the gained knowledge will be applicable for future sequencing-based high-density SNP genotyping in various fields.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Assessment of DNA quality for whole genome library preparation
- Date Crossref
- 01/12/2024
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Lund University Department of Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Swedish Police Authority National Forensic Centre pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Swedish National Board of Forensic Medicine pays non établi dans la noticeInstitution
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Linköping University Department of Physics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Swedish National Forensic Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Department of Forensic Genetics and Forensic Toxicology pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Medicine and Health Sciences Department of Forensic Genetics and Forensic Toxicology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Chemistry — Lund University, National Forensic Centre — Swedish Police Authority et Swedish National Board of Forensic Medicine, avec 4 autres affiliations.
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