PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Dimension reduction tools preserving similarity and graph structure such as t-SNE and UMAP can capture complex biological patterns in high-dimensional data. However, these tools typically are not designed to separate effects of interest from unwanted effects due to confounders. We introduce the partial embedding (PARE) framework, which enables removal of confounders from any distance-based dimension reduction method. We then develop partial t-SNE and partial UMAP and apply these methods to genomic and neuroimaging data. For lower-dimensional visualization, our results show that the PARE framework can remove batch effects in single-cell sequencing data as well as separate clinical and technical variability in neuroimaging measures. We demonstrate that the PARE framework extends dimension reduction methods to highlight biological patterns of interest while effectively removing confounding effects.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- PARE: A framework for removal of confounding effects from any distance-based dimension reduction method
- Date Crossref
- 10/07/2024
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Medical University of South Carolina Department of Public Health Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Penn Center for AIDS Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Pennsylvania Department of Biostatistics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Johns Hopkins University Department of Neurology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Johns Hopkins Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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National Institutes of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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National Institute of Neurological Disorders and Stroke Translational Neuroradiology Section pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Brigham and Women's Hospital Department of Neurology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Public Health Sciences — Medical University of South Carolina, Penn Center for AIDS Research et Department of Biostatistics — University of Pennsylvania, avec 6 autres affiliations.
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