Computational approaches and challenges in the analysis of circRNA data
Rattachement africain : ie. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Circular RNAs (circRNA) are a class of non-coding RNA, forming a single-stranded covalently closed loop structure generated via back-splicing. Advancements in sequencing methods and technologies in conjunction with algorithmic developments of bioinformatics tools have enabled researchers to characterise the origin and function of circRNAs, with practical applications as a biomarker of diseases becoming increasingly relevant. Computational methods developed for circRNA analysis are predicated on detecting the chimeric back-splice junction of circRNAs whilst mitigating false-positive sequencing artefacts. In this review, we discuss in detail the computational strategies developed for circRNA identification, highlighting a selection of tool strengths, weaknesses and assumptions. In addition to circRNA identification tools, we describe methods for characterising the role of circRNAs within the competing endogenous RNA (ceRNA) network, their interactions with RNA-binding proteins, and publicly available databases for rich circRNA annotation.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Computational approaches and challenges in the analysis of circRNA data
- Date Crossref
- 28/05/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Ollscoil na Gaillimhe – University of Galway pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Trinity College Dublin pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
School of Mathematical and Statistical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
School of Medicine Discipline of Histopathology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Ollscoil na Gaillimhe – University of Galway, Trinity College Dublin et School of Mathematical and Statistical Sciences, avec 1 autre affiliation.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.