Chromosomal-level genome assembly and single-nucleotide polymorphism sites of black-faced spoonbill Platalea minor
Rattachement africain : hk, ca, cn, gb, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Platalea minor , the black-faced spoonbill (Threskiornithidae) is a wading bird that is confined to coastal areas in East Asia. Due to habitat destruction, it has been classified by The International Union for Conservation of Nature (IUCN) as globally endangered species. Nevertheless, the lack of its genomic resources hinders our understanding of their biology, diversity, as well as carrying out conservation measures based on genetic information or markers. Here, we report the first chromosomal-level genome assembly of P. minor using a combination of PacBio SMRT and Omni-C scaffolding technologies. The assembled genome (1.24 Gb) contains 95.33% of the sequences anchored to 31 pseudomolecules. The genome assembly also has high sequence continuity with scaffold length N50 = 53 Mb. A total of 18,780 protein-coding genes were predicted, and high BUSCO score completeness (93.7% of BUSCO metazoa_odb10 genes) was also revealed. A total of 6,155,417 bi-allelic SNPs were also revealed from 13 P. minor individuals, accounting for ∼5% of the genome. The resource generated in this study offers the new opportunity for studying the black-faced spoonbill, as well as carrying out conservation measures of this ecologically important spoonbill species.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- Chromosomal-level genome assembly and single-nucleotide polymorphism sites of black-faced spoonbill <i>Platalea minor</i>
- Date Crossref
- 11/04/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Chinese University of Hong Kong . Department of Computer Science and Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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City University of Hong Kong . State Key Laboratory of Marine Pollution and Department of Biomedical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Education University of Hong Kong . Department of Science and Environmental Studies pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Health PEI pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Hong Kong Polytechnic University Research Institute for Future Food pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Hong Kong pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hong Kong University of Science and Technology . Department of Ocean Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ocean Park Conservation Foundation pays non établi dans la noticeInstitution
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OceanX Technology (China) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Suffolk pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Lingnan University . Science Unit pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hong Kong Baptist University . Croucher Institute for Environmental Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
. Department of Computer Science and Engineering — Chinese University of Hong Kong, . State Key Laboratory of Marine Pollution and Department of Biomedical Sciences — City University of Hong Kong et . Department of Science and Environmental Studies — Education University of Hong Kong, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.